根據國務院領導關于重大專項審計調查整改工作的系列重要批示精神和科技部、發展改革委和財政部統一部署，為做好整改工作，水體污染控制與治理科技重大專項高度重視，專項領導小組組長、環境保護部周生賢部長明確要求“要認真整改，還要舉一反三，態度要堅決，力度要大”，專項第一行政責任人、環境保護部吳曉青副部長要求“抓緊整改、限期整改，把整改方案落實，整改措施做實，對存在的問題決不姑息”，專項第一行政責任人、住房城鄉建設部仇保興副部長要求“對審計問題要引以為鑒，舉一反三，進一步完善水專項管理辦法”。專項牽頭組織部門會同總體組，認真研究，及時制定了整改工作方案，明確了整改工作的指導思想和目標，確定了工作步驟和時間安排，提出了切實可操作的整改措施。
一是完善立項機制，提高立項質量。針對立項過程中存在的問題，水污染治理專項在頂層設計上，進一步調整“十二五”實施計劃總體思路，按照流域進行任務的頂層設計優化，進一步明確各流域“十二五”目標和各年度課題任務設置的關聯關系。在2013年度計劃安排上，從嚴控制、大力收縮，在確保專項和主題目標實現的同時，按照聚焦重點流域，強化標志性成果產出，先驗收后立項，避免交叉重復立項等原則，優中選優。在立項過程上，原則上，全部都通過公開擇優的方式確定課題承擔單位，將逐步推行課題視頻評審和網絡評審，對課題實施方案進行嚴密、細致的論證。在任務分解上，課題下不再設子子課題、專題等，減少研究層級，明確規定課題承擔單位和參與單位原則上不超過5家，避免課題的小、散。
二是提高項目管理水平，確保專項實施進度。針對組織管理不夠規范，不利于保證實施進度的問題，水污染治理專項在管理制度上，將盡快修改完善《水體污染控制與治理科技重大專項實施管理辦法（試行）》，制訂《水體污染控制與治理科技重大專項立項管理辦法》，明確工作職責、工作機制以及立項的程序和要求。在合同審查上，將建立四級合同審查機制。實行地方水專項辦公室、主題專家組、總體專家組、水專項管理辦公室四級審查程序，明確各個審查環節的審查要求和時間節點。在專家隊伍管理上，起草了《水體污染控制與治理科技重大專項專家選聘、考核、調整和換屆工作細則》（征求意見稿），計劃對專家組進行充實調整，加強對專家組的考核。
三是嚴格成果和經費管理，發揮專項最大效益。針對成果和經費管理不夠嚴格，不利于發揮最大效益的問題，水污染治理專項在成果審查上，對于“多頭交賬”成果，給予不良信用記錄，取消該主持人三年內其承擔水專項課題的資格和該單位一年內承擔水專項任務的資格，對于專項實施成果，需提供第三方評價意見。在經費管理上，將盡快制訂發布《水體污染控制與治理科技重大專項經費管理細則》，規范、細化預算調整和經費監管等內容，完善內部控制和監督制約機制，加強預算管理培訓，規范專項資金的管理和使用。在監督檢查上，切實落實中期評估和年度監督檢查工作，加強對承擔單位的考核，委托環保部督查中心對重點流域示范工程開展專項檢查，委托地方水專項管理辦公室開展結題課題示范工程第三方評估，確保地方配套工程和資金的落實。
為做好審計整改工作，水污染治理專項將加強領導，明確責任，完善制度，強化管理。針對審計調查中涉及的課題承擔單位和課題，一是動態調整，對于責任不落實、實施不力的課題承擔人和承擔單位堅決予以調整；二是積極協助調查，積極配合相關部門做好后續調查和處理工作；三是限期整改，約談單位相關負責人，采用通報、黃牌警告、停止課題等方式限期整改。要通過開展審計調查整改活動，進一步建立健全相關制度，規范資金管理，增強項目管理能力，提高專項資金使用績效。
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