不少海綿城市試點建設規劃中“以灰代綠”，缺乏全局性、系統性的研究和分析，忽略了“自然積存、自然滲透、自然凈化”的理念。
2015年4月，16個海綿城市試點名單出爐之后，與之相關的基建、綠化、環保等領域企業，開始尋求合作機會。然而，有業內人士表示，由于不同地區、不同部門對海綿城市的理解不同，有些地方甚至連出發點都有失偏頗，導致相關企業與試點城市的溝通并不順利。
海綿城市是“灰”還是“綠”？“從海綿城市的建設環節來看，主要分為滲、滯、蓄、凈、用、排等6個方面。其中滲、滯兩個環節主要是對建筑、道路、廣場、綠地等公用市政基礎設施進行相關改造，也是我們通常提及‘灰色’的部分。后面四個環節則都是‘綠色’部分。”博天環境集團高級副總裁李璐介紹說，“灰色”是市政建設方面相對輕車熟路的部分，但“綠色”才是海綿城市能發揮功用的精髓所在。當一座城市的海綿城市規劃是以“灰”為主時，并不適合專業的環保公司參與。海綿城市倡導者、反城鄉硬化運動發起人劉波認為，不少試點城市在建設規劃中“以灰代綠”，缺乏全局性、系統性的研究和分析。地方很多參與規劃設計的人員是做“灰色”工程出身的，不能系統全面地了解海綿城市。有的海綿城市試點的規劃設計僅為當地一片區域，區域外的地方仍然做傳統的灰色規劃方案。
“協同作戰”遭遇“部門利益沖突”劉波認為在海綿城市建設中，住建、水利、農業、交通、環保、海洋等所有涉水的部門，都要按照海綿城市倡導的低影響開發理念進行規劃。但我國涉水管理存在“九龍治水”的問題，多頭管理導致一些地方涉水行政能力低下。
在這樣的情況下，海綿城市建設要實現流域性和區域性的生態修復目標，必須要打破“部門利益”與“行政區劃”錯綜復雜的條塊關系。只有建立起流域管理行政體制和流域環境對話、協同機制，才有可能提高地方政府的涉水行政效能。然而，系統論證、協同作戰在實踐中卻并不容易。北京大學景觀設計學研究院副院長李迪華認為，問題的癥結在于“部門利益沖突”。
李迪華舉例說明，北京的城市綠化帶高出城市地表面，這樣的規劃可以保護綠化苗木，但使綠地損失了排洪蓄水功能，埋下了隱患。他們曾建議北京把綠地打開，這是城市最好的排洪設施，但是受到了來自綠化部門巨大的阻礙。
萬億“蛋糕”如何切？政企合作的可行模式是將海綿城市的建設理念、手段和標準，融入區域土地開發、舊城改造等收益性強的城市開發項目中。住建部建設司水務處副處長牛璋彬表示在海綿城市的建設中，各地方政府要先把規劃做好，體現針對性，摸清本底、找準問題、明確目標后再布局項目。在引入社會資本時，所選的社會資本需要有統籌建設海綿城市的方案、思路和能力。
PPP模式的核心是政府和社會資本建立利益共享和風險共擔的長期合作關系。從海綿城市的建設情況來看，“滲、滯”兩個環節中涉及的內容很難形成這種合作關系，易造成國家和地方財政補貼的傾斜。后面“蓄、凈、用、排”4個環節更加適合社會資本的進入，但資金壓力比較大，盈利模式不清晰，會使很多社會資本持觀望態度。
因此，李璐認為，海綿城市建設并不會帶來直接的投資回報，采用PPP模式的海綿城市項目，需要有些盈利性項目打包進來，以保證項目的總體收益。劉波則強調，地方政府在實施海綿城市項目的過程中，應充分發揮民間資本的專業性和市場性作用，而對于行政力量掌控的這部分資金，要進行嚴格審計。特別是對海綿城市的資金流向，要有嚴格監管。
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