長春市在石頭口門水庫、新立城水庫兩個城市水源地的上游實施“生物治水”工程，并加強對城市飲用水水源地的監管、監測和保護，使水源地水質得到改善，達標率保持100%。
據了解，從2008年開始，長春市先后在兩個水源地的上游啟動“栽植蘆葦、建設濕地”工程，攔截水庫上游來水，通過栽植的蘆葦、荷花、香蒲等生物降解，使氮、磷等被吸收，讓凈化水流入庫區內。目前已累計建成生態濕地近3000公頃，構筑起了水源地綠色保護屏障。
據測算，石頭口門水庫水源濕地工程運行后，蘆葦濕地每年吸附去除水體中總氮93.5噸、總磷16.8噸。新立城水庫通過內層蘆葦等吸附氮磷能力強的植被、中層河柳等耐澇灌木、外層林地3層條帶構筑環湖生態圈，有效吸附水體中有害物質，水源地污染綜合治理工程的1000公頃濕地建成后，每年可減少向水庫排放氮80.5噸、磷8.7噸，達到凈化水質的目的。
圍繞兩大水源地水質安全，長春市環保部門強化監管，常年開展水源地專項執法檢查和水源地周邊環境因素巡查，加強排污口管理，及時查處污染隱患。并與轄區政府及相關部門聯合，對存在突出環境問題的企業實施掛牌督辦。同時拆除水源保護區內的各種違法建筑，取締游泳、垂釣等一切違法行為。
長春市環保部門還先后建成石頭口門、新立城水庫水質自動監測站，對兩大水源地水質進行指標綜合評價。長年監測顯示，石頭口門水庫、新立城水庫兩個城市水源地4個監測點位監測數值始終全部達標。
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