嚴格控制地下飲用水水源防護區內建設項目，對污染源分期分批進行搬遷和治理，不斷完善防護區內污水管網建設目前，北京市地下水占供水比例超過三分之二，已成為北京市主要的供水水源。鑒于當前十分嚴峻的供水形勢，北京市地下水供應量和開采區域可能進一步擴大，但就全市地下水水質來看，部分區域地下水水質存在超標現象，尤其是淺層地下水中III類水質區域面積逐年遞減，IV類、V類水質區域面積呈增加趨勢，地下水保護工作亟需加強。
北京市在地下水污染防治方面已經開展了一系列工作，特別針對地下飲用水水源的安全提出明確的措施要求。
2011年3月《北京市水污染防治條例》頒布實施，規定“市水行政主管部門根據水污染防治專項規劃，編制本市地下水保護規劃，并組織實施。”《條例》加大了對地下水的保護力度，將“飲用水水源與地下水保護”單獨設置一章，從建設地下儲存工程、地下水開采、地熱資源利用、人工回灌、地下勘探施工、廢棄井管理等幾個方面，為保護地下水水質不受污染提出了具體的限制性規定。《條例》規定“建設、使用垃圾填埋場或者貯存液體化學原料、油類等地下工程設施的單位”必須采取防滲措施，配建地下水監測井并定期監測地下水水質；對于含水層水質差異大的地區開采地下水應遵循“分層開采”的原則，因地下水超采引起水質惡化時，應停止開采；要求在利用地下熱水資源、地熱資源過程中采取措施防止污染地下水。由于北京市地下水超采嚴重，將來采用人工回灌方式提高地下水水位的工程措施可能越來越多，為了保護地下水水質，《條例》規定“人工回灌補給地下水的，不得惡化地下水水質”。同時要求“地下勘探、采礦、工程降排水、地下空間的開發利用等可能干擾地下含水層的活動”也應當采取防護性措施；大口井、廢棄機井的產權單位應當采取合理的封井措施和工藝，防止地下水污染。
為全面、客觀、準確地掌握地下水環境質量與污染源排放狀況，“十一五”期間，北京市基本建成了平原區地下水環境監測網絡，包括區域地下水環境監測和污染源專項監控兩個監測網絡。
同時，根據《北京市城市自來水廠地下水源保護管理辦法》，北京市劃定了7個市級地下水水源地保護區，保護面積近170平方公里。在此基礎上，各區縣相繼對轄區的集中地下水水源地劃定了保護范圍，保護面積約500平方公里，并制定了相應的管理辦法。北京市還嚴格控制地下飲用水水源防護區內建設項目，不僅對污染源分期分批進行搬遷和治理，還結合市政道路設施建設不斷完善防護區內污水管網建設。
按照環境保護部《關于開展全國地下水基礎環境狀況調查評估工作的通知》要求，北京市還承擔了試點任務，率先開展了地下水基礎環境狀況調查評估工作。在污染源方面，對4類重點污染源調查了基礎環境、地質水文條件以及地下水水質等一系列情況，結合污染源自身特點，初步分析了污染源對周邊環境影響情況。
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